Він підкреслив, що не міг, на відміну від екс-голови Одеської обласної адміністрації Михайла Саакашвілі, публічно озвучити прізвища тих, кому перейшов дорогу.
"Саакашвілі, на відміну від мене, не сидів у в'язниці і не втрачав років життя в забутті, над його сім'єю не знущалися. Та й рівень його інший. А я – елемент системи моєї країни, з усіма її плюсами і мінусами. Ходити і розповідати, як погано зі мною вчинили, який я насправді чудовий, – не моє. Роблю, що можу і повинен, через доступні ресурси намагаюся відновити статус митної служби. Цивілізованої, професійної, сучасної служби", – заявив Макаренко.
Він додав, що відмовився від публічних звинувачень конкретних високопоставлених керівників України через страх знову опинитися у в'язниці.
"Так, мене запрошували (відразу після звільнення. – "ГОРДОН") телеканали, кілька політичних сил намагалися мною маніпулювати, щоб заробити очки на моє звільнення. Я всім відмовив. По-перше, не хотів виглядати скривдженим хлопчиком. По-друге, напевно, була обережність, а, ймовірніше, страх. Страх чого? Чергових переслідувань, помсти", – розповів Макаренко.
На нараді щодо боротьби з контрабандою президент запитав: "Хто бере участь у цьому неподобстві?". Я відповів: "Усі учасники регати присутні в залі". Повна версія інтерв'ю з Анатолієм Макаренком
Улітку 2010 року, за президента Віктора Януковича, Макаренка заарештували за обвинуваченням у незаконному митному оформленні природного газу компанії "Росукренерго", що належить бізнесмену Дмитру Фірташу. Макаренко провів один рік і 13 днів у Лук'янівському СІЗО. Улітку 2012 року екс-голову митниці засудили до чотирьох років позбавлення волі умовно.
3 березня 2014 року, після втечі Януковича і перемоги Євромайдану, за рішенням Печерського районного суду міста Києва Макаренка було звільнено від кримінальної відповідальності і визнано несудимим.
5 червня 2014 року Макаренко був призначений заступником голови Державної фіскальної служби України, курирував митний напрям. Був знятий із посади через майже 10 місяців, 23 березня 2015 року.
Тодішній прем'єр-міністр Арсеній Яценюк звинуватив Макаренка і його команду у "відмиванні грошей, кришуванні, створенні схем із розграбування країни". Макаренко подав до суду на Кабмін і виграв. Екс-голова митниці стверджує, що "те саме "розграбування", про яке говорив Яценюк, почалося саме у 2015-му, коли прибрали неугодних верхівці Макаренка і його людей із відомства".