Його обвинувачують за ч. 1 ст. 356 Кримінального кодексу країни-агресора (застосування заборонених засобів і методів ведення війни). Наливайченка також додали до переліку терористів та екстремістів на території РФ.
У повідомленні наголошують, що українського політика "ув'язнять на два місяці з моменту екстрадиції на територію РФ або з моменту затримання на території РФ". Його також оголосили в міжнародний розшук.
Також Басманний суд ухвалив аналогічне рішення щодо секретаря Ради національної безпеки і оборони України Олександра Литвиненка, якого обвинувачують у країні-загарбнику за тою самою статтею.