Рудьковський народився 1967 року в селі Старий Биків Бобровицького району Чернігівської області. Навчався у Віденському економічному університеті, на історичному факультеті Чернігівського державного педагогічного інституту і в Київському національному економічному університеті.
Із кінця 1990-х займається нафтогазовим бізнесом, коли в партнерстві з бізнесменом, а в майбутньому – п'ятим президентом України Петром Порошенком заснував компанію "Нафтогазвидобування". На початку 2000-х частка Порошенка в компанії опинилася в бізнесмена і політика Нестора Шуфрича, писало агентство LIGA.net.
Паралельно займався політикою. У 1998–1999 роках був заступником голови правління компанії "Укргазпром", яку згодом перейменували на НАК "Нафтогаз України". 1999 року став членом Соціалістичної партії України, від якої двічі – 2002-го і 2006 року – його обирали в парламент. Іще раз, 2012 року, балотувався в Раду як самовисуванець, у парламенті входив до фракції Партії регіонів.
У 2006–2007 роках Рудьковський був міністром транспорту і зв'язку в коаліційному уряді Віктора Януковича. Був одним з ініціаторів входження СПУ в коаліцію з Партією регіонів і комуністами.
2019-го суд у Росії засудив Рудьковського до двох років колонії загального режиму за участь у нападі на посольство РФ у Києві 2014 року. У квітні 2020 року Рудьковського достроково звільнили з російської в'язниці, і він повернувся в Україну.
У лютому 2021 року Рудьковського повідомили про підозру у викраденні колишнього топменеджера "Нафтогазвидобування", а тепер народного депутата від "Слуги народу" Олега Семінського. Його 2012 року викрали і три роки утримували в ув'язненні. Рудьковський свою причетність до злочину заперечує.
Зі статками $93 млн Рудьковський посідає 84-те місце в рейтингу найбагатших українців, складеному журналом НВ та інвестиційною компанією Dragon Capital.