Сейсембаєв народився 1966 року у Джезказганській області Казахстану в сім'ї чабана. Закінчив Казахський державний університет (спеціальність – правознавство).
1991 року заснував приватну комерційну фірму "Сеймар комерція", яка експортувала казахську пшеницю у країни СНД. Згодом створив корпорацію "Сеймар", яка займалася виробництвом і продажем продукції птахівництва.
У 2000-ні бізнесмен став акціонером і головою "Альянс Банку", який був у п'ятірці найбільших банків Казахстану і який вважали одним із системотвірних, нагадало "Радио Азаттык". 2009 року банк було націоналізовано, а Сейсембаєва обвинуватили в розкраданні і відмиванні грошей. Він виїхав за кордон, але після того, як дістав "гарантії недоторканності", повернувся назад, зазначив казахстанський Forbes.
Останніми роками Сейсембаєв займається інвестиціями. 2019-го він увійшов під №33 у рейтинг 50 найвпливовіших бізнесменів Казахстану, складений Forbes.
У серпні 2020 року експрезидент Грузії, голова українського Виконавчого комітету реформ Михайло Саакашвілі відрекомендував Сейсембаєва як свого потенційного партнера в діяльності Офісу простих рішень і результатів. "У сфері відповідальності Маргулана будуть підвищення ефективності процесів забезпечення реформ і законопроєктів, а також уся міжнародна діяльність офісу", – повідомив він.