Сейсембаев родился в 1966 году в Джезказганской области Казахстана в семье чабана. Окончил Казахский государственный университет (специальность – правоведение).
В 1991 году основал частную коммерческую фирму "Сеймар коммерция", которая занималась экспортом казахской пшеницы в страны СНГ. Позже создал корпорацию "Сеймар", которая занималась производством и продажей птицеводческой продукции.
В 2000-е бизнесмен стал акционером и главой "Альянс Банка", который входил в пятерку крупнейших банков Казахстана и считался одним из системообразующих, напомнило "Радио Азаттык". В 2009 году банк был национализирован, а Сейсембаева обвинили в хищении и отмывании денег. Он выехал за границу, но после получения "гарантий неприкосновенности" вернулся обратно, отметил казахстанский Forbes.
В последние годы Сейсембаев занимается инвестициями. В 2019 году он вошел под №33 в рейтинг 50 самых влиятельных бизнесменов Казахстана, составленный Forbes.
В августе 2020 года экс-президент Грузии, глава украинского Исполнительного комитета реформ Михаил Саакашвили представил Сейсембаева как своего потенциального партнера в деятельности Офиса простых решений и результатов. "В сферу ответственности Маргулана будут входить повышение эффективности процессов обеспечения реформ и законопроектов, а также вся международная деятельность офиса", – сообщил он.