11 травня чинний президент України Петро Порошенко звільнив Олексія Філатова з посади заступника глави Адміністрації Президента України (АПУ). Указ про це розміщено на сайті глави держави.
Філатова було призначено на цю посаду в липні 2014 року.
8 квітня 2019 року "Українські новини" з посиланням на джерела в Адміністрації Президента і юридичних колах повідомили, що наказ про звільнення Філатова підписано. Його нібито планували опублікувати 21 квітня, щоб "не сіяти паніки в оточенні президента".
В АПУ цю інформацію спростували.
13 червня 2018 року прес-служба Національного антикорупційного бюро України повідомила агентству "Інтерфакс-Україна", що детективи бюро проводять досудове розслідування за фактом імовірного незаконного збагачення заступника глави АПУ. За даними журналістів, ідеться саме про Філатова. Того самого дня Філатов заявив, що НАБУ офіційно не зверталося до нього у зв'язку з розслідуванням справи про ймовірне збагачення.
У прес-службі АПУ в коментарі "Українській правді" повідомили, що Філатов задекларував свої доходи відповідно до законодавства і готовий надати пояснення НАБУ. В адміністрації нагадали, що до призначення на посаду заступника глави АПУ він 18 років займався приватною юридичною практикою.
У листопаді Національна поліція України у відповідь на запит "Українських новин" повідомила, що розслідування кримінального провадження про ймовірне незаконне збагачення та декларування недостовірної інформації Філатовим передали з НАБУ в Головне слідче управління Нацполіції та засекретили.
26 квітня 2019 року "Українські новини" поінформували, що Генеральна прокуратура України почала кримінальне провадження проти Філатова за фактом втручання останнього у процес відбору суддів для Вищого антикорупційного та Верховного судів.