Національне антикорупційне бюро України та САП підозрюють Насірова у зловживанні владою й службовим становищем (ст. 364 Кримінального кодексу України), що спричинило шкоду на суму приблизно 2 млрд грн. За даними слідства, на посаді керівника Держфіскальної служби він ухвалював рішення в інтересах позафракційного депутата-утікача Олександра Онищенка, щодо якого розслідують провадження за підозрою в махінаціях із газом.
7 березня 2017 року Солом'янський районний суд обрав Насірову запобіжний захід у вигляді утримання під вартою з можливістю внесення застави. 16 березня Насіров вийшов на свободу після того, як його дружина внесла за нього 100 млн грн.
У серпні суд заарештував все вказане в державному реєстрі нерухоме майно відстороненого голови Державної фіскальної служби.
26 липня директор НАБУ Артем Ситник повідомив, що справу Насірова "фактично завершено" і йому оголосили остаточну підозру. 17 серпня Насіров заявив, що оскаржив своє затримання в Євросуді з прав людини.
19 жовтня запобіжний захід чиновнику продовжили до 14 грудня, але дозволили виїжджати в Київську область.