Национальное антикоррупционное бюро Украины и САП подозревают Насирова в злоупотреблении властью и служебным положением (ст. 364 Уголовного кодекса Украины), что повлекло ущерб на сумму около 2 млрд грн. По данным следствия, на посту руководителя Госфискальной службы он принимал решения в интересах беглого внефракционного депутата Александра Онищенко, в отношении которого расследуется производство по подозрению в махинациях с газом.
7 марта 2017 года Соломенский районный суд избрал Насирову меру пресечения в виде содержания под стражей с возможностью внесения залога. 16 марта Насиров вышел на свободу после того, как его жена внесла за него 100 млн грн.
В августе суд арестовал все имеющееся в государственном реестре недвижимое имущество отстраненного председателя Государственной фискальной службы.
26 июля директор НАБУ Артем Сытник сообщил, что дело Насирова "фактически завершено" и ему объявили окончательное подозрение. 17 августа Насиров заявил, что обжаловал свое задержание в Евросуде по правам человека.
19 октября меру пресечения чиновнику продлили до 14 декабря, но разрешили выезжать в Киевскую область.