До вбивства українського журналіста Георгія Гонгадзе була причетною кримінальна розвідка Міністерства внутрішніх справ України. Таку думку в авторській програмі засновника видання "ГОРДОН" Дмитра Гордона висловив колишній генеральний прокурор України Віктор Шокін, який розслідував убивство.
"Я, коли повернувся заступником генпрокурора 2002 року, перше, що зробив, – за два дні зібрав групу у справі Гонгадзе і ми розпочали це розслідування. Те, що нам заважали, – дуже серйозно заважали... Але, хвала богу, [Святослав] Піскун, генеральний прокурор на той період, не втручався ні у що. Він не заважав. Абсолютно чітко кажу, зрозуміло кажу: він не заважав і не вникав. Ми над цим працювали. І звісно, ми вийшли на ту ситуацію в дуже складні способи, тому що на той період уже було багато втрачено, на жаль. Та однак з'ясували, що кримінальна розвідка МВС України є до цього причетною, і причетною дуже серйозно. Зокрема [ексофіцер Міністерства внутрішніх справ України Олексій] Пукач і троє виконавців, яких згодом засудили", – зазначив Шокін.
Він підкреслив, що справу, найімовірніше, і зараз розслідують, тому що Шокін поновив її як генеральний прокурор України.
"Я не знаю, наскільки правильно чи неправильно справу розслідують, але сподіваюся, що її розслідують. Тому мені сказати, хто був замовником і організатором... У мене є своя думка щодо цього питання. Я з вами згоден, що це був не Кучма... Але хто конкретно? Повторюю: у мене є свої припущення, як і у справі [про вбивство журналіста Павла] Шеремета. Свої особисті. Але, ураховуючи, що триває слідство, я не хочу якось впливати на це слідство своїми словами, якось його переспрямовувати в чомусь. Нехай працюють слідчі. Якщо певний період часу мине і справді буде тиша, а я сподіваюся, що такої тиші не має бути в жодній справі, до кінця не доведеній – стосовно Гонгадзе, стосовно Шеремета, стосовно всіх журналістів, та і взагалі всіх людей, тоді я, звісно, скажу свою думку", – додав Шокін.
Журналіст Георгій Гонгадзе зник 16 вересня 2000 року в Києві. У листопаді того самого року в одному з лісів Київської області знайшли його тіло. 2009 року в Київській області знайшли останки черепа, який, за даними експертизи, належав журналісту. 22 березня 2016 року Гонгадзе поховали в Києві.
2008 року суд визнав винуватими в убивстві Гонгадзе трьох експрацівників МВС: Валерія Костенка і Олександра Поповича засудили до 12 років позбавлення волі, а Миколу Протасова – до 13. 2015 року Протасов помер у колонії. 2013 року за вбивство Гонгадзе до довічного позбавлення волі засудили ексначальника департаменту зовнішнього спостереження МВС України Олексія Пукача, затриманого 2009 року.
Шокін був генпрокурором України з 10 лютого 2015 року до 3 квітня 2016 року.