"У книзі "Шантарам", яку багато хто читав, про це є: коли ти потрапляєш у камеру і брязкає замок, ти опиняєшся в ситуації, у якій навіть демони починають молитися. Спочатку мене тримали в камері смертників, звідки людей колись водили на розстріл", – розповів Макаренко.
За його словами, зараз у цій камері в СІЗО на Лук'янівці у Києві тримають ув'язнених, засуджених до довічного.
"У перші години було важко. Потім я перемкнув свідомість і сказав собі: "Анатолію, ти служив на підводному човні і вже був у замкненому просторі. Уважаємо, що ти пішов у автономку". Схуд за місяць-півтора на 15 кілограмів, і, коли дружина мене вперше побачила, сказала: "Ти нам такий не потрібен. Ти завжди був сильним, відновлюйся!" І я змінив своє ставлення до відсидки, вирішив, що не в'язниця буде мене ламати, а я її. У Бродського є слова: "В'язниця – це місце, де нестачу простору компенсує надлишок часу". Часу там справді багато – читай, займайся спортом, думай, пиши..." – продовжив Макаренко.
Відповідаючи на запитання, чи було йому себе шкода, екс-голова Держмитної служби сказав: "Жодного разу".
Він додав, що плакав лише одного разу. "По-моєму, одного разу – коли вперше зустрівся із дружиною. Мені було соромно перед нею за те, що я підвів її, що їй дуже складно", – сказав Макаренко.
Макаренко: Коли ми обнялися з Тимошенко після її тюрми, вона пахла так само, як я після своєї. Прілий запах безнадії. Читайте повну версію інтерв'ю
Улітку 2010 року, за президентства Віктора Януковича, Макаренка заарештували за обвинуваченням у незаконному митному оформленні природного газу компанії "РосУкрЕнерго", яка належить бізнесменові Дмитру Фірташу. Макаренко провів один рік і 13 днів у Лук'янівському СІЗО. У 2011 році Макаренко звільнив з-під варти Апеляційний суд. Улітку 2012 року екс-главу митниці засудили до чотирьох років позбавлення волі умовно.
3 березня 2014 року, після втечі Януковича і перемоги Євромайдану, за рішенням Печерського районного суду міста Києва Макаренка звільнили від кримінальної відповідальності та визнали несудимим.
5 червня 2014 року Макаренка було призначено заступником голови Державної фіскальної служби України, він керував митним напрямом. Його зняли з посади через майже 10 місяців, 23 березня 2015 року.