Шеремет загинув 20 липня 2016 року в Києві внаслідок вибуху машини, що належала співзасновниці "Української правди" та його цивільній дружині Олені Притулі.
Слідство розглядає п'ять версій мотивів убивства: професійна діяльність, убивство через помилку (замість власника видання "Українська правда" Олени Притули), критичні публікації у виданні "Українська правда" та виступи на "Радио Вести", дестабілізація ситуації в Україні, а також конфлікти, пов’язані з особистим життям Шеремета.
У червні 2017 року голова парламентського комітету з питань свободи слова та інформаційної політики Вікторія Сюмар повідомляла, що в межах досудового розслідування у справі Шеремета допитали понад 3000 осіб, зокрема й очевидців вибуху, і вилучили відеозаписи з камер спостереження.
У Комітеті захисту журналістів заявили, що будуть ініціювати міжнародне розслідування вбивства Шеремета.
11 липня на зустрічі з родичами Шеремета та представниками Комітету захисту журналістів президент України Петро Порошенко заявив, що правоохоронні органи мають найближчим часом публічно відзвітувати про результати слідства.