Шкарлет розпочав роботу на новій посаді 1 травня. Із 2010-го до 2020 року він уже був ректором цього вишу, який тоді мав назву Чернігівський державний технологічний університет, і на момент призначення був наймолодшим ректором України.
Під час роботи міністром його звинувачували у плагіаті під час написання наукових праць, проте Шкарлет це заперечував. Також проти нього неодноразово протестували студенти, вимагаючи відставки. Востаннє – через вибори президента в Києво-Могилянській академії.