Шкарлет приступил к работе в новой должности 1 мая. С 2010-го по 2020 год он уже был ректором этого вуза, который назывался тогда Черниговским государственным технологическим университетом, и на момент назначения был самым молодым ректором Украины.
Во время работы министром его обвиняли в плагиате при написании научных работ, однако Шкарлет это отрицал. Также против него неоднократно протестовали студенты, требуя отставки. В последний раз – из-за выборов президента в Киево-Могилянской академии.