27 червня 2017 року в Солом'янському районі Києва було підірвано автомобіль, у якому перебував Шаповал.
ЗМІ писали, що загиблий офіцер був командиром глибинної розвідки і добував докази причетності Росії до збройної агресії проти України.
7 вересня 2017 року президент України Петро Порошенко надав Шаповалу звання Героя України (посмертно).
17 квітня 2019 року голова СБУ Василь Грицак заявив, що теракт, унаслідок якого загинув Шаповал, розкрито. За даними слідства, його скоїла одна з диверсійних груп, спрямованих в Україну з Росії. Виконавцем, за словами Грицака, є Олег Шутов, який за годину після закладення вибухового пристрою під автомобіль розвідника виїхав із території України. Наразі він, імовірно, переховується на окупованій частині Донбасу.
Організатором убивств Шаповала та офіцера українських спецслужб Олександра Хараберюша є генерал-лейтенант ФСБ Дмитро Мінаєв, заявили у СБУ.