Інформація про можливу причетність Росії до вибухів у Чехії стала причиною кризи у відносинах двох країн. Чехія вислала з країни 18 співробітників російського посольства, у відповідь Росія оголосила персонами нон ґрата 20 співробітників посольства Чехії.
МЗС Чехії вимагало, щоб Росія повернула всіх висланих чеських дипломатів, однак відповіді не було, у зв'язку із чим Чехія оголосила про додаткове скорочення кількості російських дипломатів у Празі. Наприкінці квітня міністр закордонних справ Чехії Якуб Кулганек заявив, що в посольстві Росії у Празі й у посольстві Чехії в Москві працюватиме по 32 співробітники. Збільшення кількості співробітників дипмісій можливе тільки на основі взаємності, підкреслив він.
Чехію підтримали й інші країни ЄС – Латвія, Литва, Естонія і Словаччина вислали російських дипломатів на знак солідарності.
Кремль заперечує причетність РФ до вибухів у Врбетіце і звинувачує Чехію у провокаціях. Чеська влада заявляла, що вимагатиме від Росії компенсації за наслідки вибухів у розмірі не менше ніж 1 млрд чеських крон. У РФ відповіли, що платити Празі не збираються.
За інформацією чеських ЗМІ, власник компанії з виробництва зброї за день до вибуху у Врбетіце зупинявся в готелі, де жили агенти ГРУ РФ.