Ходорковський у 1997–2004 роках був співвласником російської нафтової компанії ЮКОС. У 2004 році, за оцінками російського Forbes, зі статками $15,2 млрд він був найбагатшим бізнесменом Росії.
У 2003 році російські правоохоронці порушили кримінальну справу проти ЮКОСа через ухиляння від сплати податків, того самого року Ходорковського і його партнера Платона Лебедєва заарештували. Бізнесменів засудили до дев'яти років колонії (пізніше суд скоротив їм строки до восьми років), а компанія ЮКОС пройшла через процедуру банкрутства і 2007 року її ліквідували.
У 2009 році Ходорковському і Лебедєву висунули нові обвинувачення у другій справі ЮКОСа – про розкрадання акцій "дочок" нафтової компанії з подальшою легалізацією частини грошей. У 2010 році їх засудили до 14 років колонії (пізніше строки скоротили до 11 років).
У грудні 2013 року президент РФ Володимир Путін помилував Ходорковського, відразу після звільнення бізнесмен покинув Росію і зараз із сім'єю проживає у Великобританії. Усього за ґратами Ходорковський провів 10 років. Зараз проти нього у РФ розслідують іще кілька кримінальних справ, зокрема так звану третю справу ЮКОСа (про розкрадання нафти і легалізацію викраденого майна заради отримання коштів від його реалізації), а також справу про вбивство мера Нефтеюганська у 1998 році. Ходорковський провини в інкримінованих йому злочинах не визнає.