Суд визнав Пугачова винним у розкраданні коштів із кредитної установи й завданні їй збитків на 92 млрд руб. (більше як $1,1 млрд), а також в особливо великій розтраті й організації зловживання повноваженнями, що спричинили тяжкі наслідки (ч. 4 ст. 160, ч. 3 ст. 33, ч. 2 ст. 201 КК РФ).
Пугачова та інших фігурантів справи підозрювали у привласненні 28,7 млрд руб. (понад $358,7 млн) із 40 млрд руб. (понад $500 млн) беззаставного кредиту, які Центральний банк Росії виділив МПБ. За даними слідства, кошти нібито опинилися на рахунку підконтрольної Пугачову кіпрської компанії. У листопаді 2015 року за розпорядженням підозрюваного було розірвано договори застави за кредитами майже на 68 млрд руб. (приблизно $850 млн), після чого МПБ збанкрутував.
Суд над Пугачовим відбувся в заочному режимі, ексбанкір перебуває в міжнародному розшуку.
Раніше "Коммерсантъ" писав, що вироку передувало 20 судових засідань. Обвинувачення в особливо великій розтраті Пугачову в Головному слідчому управлінні (ГСУ) Слідчого комітету Росії (СКР) висунули заочно наприкінці 2013 року, а у травні 2014 року за клопотанням слідства його заочно заарештував Басманний райсуд. Росію ексбанкір покинув 2011 року, одразу після порушення стосовно нього першої кримінальної справи про навмисне банкрутство (ст. 196 КК РФ) МПБ. За даними видання, він проживає у Франції. Тоді ж видання повідомило, що у видаванні Пугачова Росії було відмовлено і що Генпрокуратура може передати ухвалений заочний вирок для виконання країні його перебування.