Ісаакіївський собор із 1948 року функціонує як музей "Ісаакіївський собор". У травні 2016 року митрополит Варсонофій звернувся до прем'єр-міністра РФ Дмитра Медведєва з проханням передати Ісаакіївський собор РПЦ. 10 січня 2017 року губернатор Санкт-Петербурга Георгій Полтавченко заявив, що питання про передавання собору в користування РПЦ вирішене, проте будівля збереже музейно-просвітницьку функцію.
Собор залишають у безвідплатному користуванні Московському патріархату РПЦ на 49 років. Передання має завершитися у березні 2019 року. Наразі музей самостійно фінансує утримання та реставрацію будівлі. Джерела фінансування собору після його передання РПЦ не визначені.