Исаакиевский собор с 1948 года функционирует как музей "Исаакиевский собор". В мае 2016 года митрополит Варсонофий обратился к премьер-министру РФ Дмитрию Медведеву с просьбой о передаче Исаакиевского собора РПЦ. 10 января 2017 года губернатор Санкт-Петербурга Георгий Полтавченко заявил, что вопрос о передаче собора в пользование РПЦ решен, но здание сохранит музейно-просветительскую функцию.
Собор будет передан в безвозмездное пользование Московскому патриархату РПЦ на 49 лет. Передача должна завершиться в марте 2019 года. На данный момент музей самостоятельно финансирует содержание и реставрацию здания. Источники финансирования собора после его передачи РПЦ не определены.