Сейсембаєв народився 1966 року в Джезказганській області Казахстану в сім'ї чабана. Закінчив Казахський державний університет (спеціальність – правознавство).
У 1991 році заснував приватну комерційну фірму "Сеймар комерція", яка займалася експортом казахської пшениці у країни СНД. Згодом створив корпорацію "Сеймар", яка займалася виробництвом і продажем продукції птахівництва.
У 2000-ні бізнесмен став акціонером і головою "Альянс Банку", який входив до п'ятірки найбільших банків Казахстану, його вважали одним із системотвірних, нагадало "Радио Азаттык". У 2009 році банк націоналізували, а Сейсембаєва обвинуватили в розкраданні й відмиванні грошей. Він виїхав за кордон, але після того, як дістав "гарантії недоторканності", повернувся назад, зазначив казахстанський Forbes.
В останні роки Сейсембаєв займається інвестиціями. У рейтингу 50 найвпливовіших бізнесменів Казахстану, складеному 2020 року місцевою редакцією Forbes, він посідає 21-ше місце. У списку 50 найбагатших бізнесменів Казахстану Сейсембаєва немає.
У серпні 2020 року експрезидент Грузії, голова українського Виконавчого комітету реформ Михайло Саакашвілі відрекомендував Сейсембаєва як свого партнера в діяльності Офісу простих рішень і результатів. "У сферу відповідальності Маргулана входитимуть підвищення ефективності процесів забезпечення реформ і законопроєктів, а також уся міжнародна діяльність офісу", – повідомив він.