Сейсембаев родился в 1966 году в Джезказганской области Казахстана в семье чабана. Окончил Казахский государственный университет (специальность – правоведение).
В 1991 году основал частную коммерческую фирму "Сеймар коммерция", которая занималась экспортом казахской пшеницы в страны СНГ. Позже создал корпорацию "Сеймар", которая занималась производством и продажей птицеводческой продукции.
В 2000-х бизнесмен стал акционером и главой "Альянс Банка", который входил в пятерку крупнейших банков Казахстана и считался одним из системообразующих, напомнило "Радио Азаттык". В 2009 году банк был национализирован, а Сейсембаева обвинили в хищении и отмывании денег. Он выехал за границу, но после получения "гарантий неприкосновенности" вернулся обратно, отметил казахстанский Forbes.
В последние годы Сейсембаев занимается инвестициями. В рейтинге 50 самых влиятельных бизнесменов Казахстана, составленном в 2020 году местной редакцией Forbes, он занимает 21-е место. В списке 50 богатейших бизнесменов Казахстана Сейсембаев не представлен.
В августе 2020 года экс-президент Грузии, глава украинского Исполнительного комитета реформ Михаил Саакашвили представил Сейсембаева как своего партнера в деятельности Офиса простых решений и результатов. "В сферу ответственности Маргулана будут входить повышение эффективности процессов обеспечения реформ и законопроектов, а также вся международная деятельность офиса", – сообщил он.