У матеріалах справи про вбивство Шеремета Антоненко фігурує як організатор – текст підозри 

Влад Добош, адвокат Юлії Кузьменко, підозрюваної в убивстві журналіста Павла Шеремета, у своєму Facebook оприлюднив текст підозри, де зазначено, що музикант і доброволець Андрій Антоненко є організатором злочину.

"Досудовим розслідуванням встановлено, що Антоненко Андрій Сергійович 2 жовтня 1971 року народження, захопившись ультранаціоналістичними ідеями, культивуючи велич арійської раси, розмежування суспільства за принципом національної належності, прагнучи зробити свої погляди предметом уваги громадськості... перебуваючи на території проведення АТО, з числа волонтерів та осіб, які пройшли військову підготовку у складі добровольчих батальйонів та мають навички поводження з вогнепальною зброєю та вибухонебезпечними речовинами, вирішив створити організовану групу, щоб у її складі вчинити вбивство журналіста та радіоведучого Павла Шеремета", – ідеться в тексті підозри Нацполіції.

Так, за версією слідства, Антоненко вийшов на лікарку Юлію Кузьменко, волонтерку Яну Дугарь і ще низку осіб, які мали схожі погляди.

"Антоненко взяв на себе функції організатора та керівника угруповання", – ідеться в повідомленні.

Слідчі підкреслюють, що в кожного члена угруповання були свої обов'язки.

12 грудня міністр внутрішніх справ України Арсен Аваков повідомив про затримання підозрюваних у причетності до вбивства Шеремета. На терміновому брифінгу заступник голови Нацполіції Євген Коваль назвав імена ймовірних причетних до вбивства: медсестра одного з парашутно-десантних батальйонів Яна Дугарь, музикант і доброволець Андрій Антоненко, хірургиня дитячої лікарні "Охматдит" та волонтерка Юлія Кузьменко і сім'я учасників АТО – Владислав та Інна Грищенки.

За його словами, вибухівку в автомобіль закладали Кузьменко та Антоненко. Поліцейський зазначив, що за час АТО Кузьменко придбала будинок і два автомобілі. У ніч на 13 грудня її затримали.

Шеремет загинув 20 липня 2016 року в Києві внаслідок підриву машини, що належала співзасновниці видання "Українська правда", цивільній дружині журналіста Олені Притулі. Прокуратура кваліфікувала інцидент як умисне вбивство, вчинене у спосіб, небезпечний для життя багатьох людей.

Слідство розглядало чотири версії мотивів убивства Шеремета: професійну діяльність, особисті неприязні стосунки, дестабілізацію ситуації в Україні, убивство через помилку (замість Притули). У лютому 2017 року пріоритетною версією правоохоронців була журналістська діяльність Шеремета. Зараз основною версією вбивства поліція вважає дестабілізацію ситуації в Україні. Генеральний прокурор Руслан Рябошапка підкреслив, що слідство ще не виявило замовників убивства.

9 грудня Грищенко на суді заявляв, що йому нібито пропонували взяти на себе відповідальність за вбивство Шеремета або співробітника Головного управління розвідки Міністерства оборони України Максима Шаповала, а також за підірвані в жовтні 2015 року електроопори в Херсонській області. 10 грудня "Українська правда" повідомила, що з Єдиного реєстру судових рішень зникло кілька рішень у справі Владислава Грищенка, який разом із дружиною Інною перебуває під арештом у справі про підготовку вибуху в Івано-Франківській області.

На брифінгу серед фігурантів справи було згадано ветерана АТО Івана Вакуленка. 7 листопада видання INSIDER писало, що він отримав 16 жовтня повістку на призначений на 21 жовтня допит у справі Шеремета, а 18 жовтня сестра ветерана виявила його тіло з раною голови. За даними видання, обставини смерті Вакуленка можуть свідчити про спробу "повісити" на нього вбивство Шеремета.