Ще 10 серпня Котенко в коментарі hromadske казав, що Кабмін планує ліквідувати офіс уповноваженого з питань осіб, зниклих безвісти за особливих обставин. За даними джерел журналістки "Цензор.НЕТ" Тетяни Ніколаєнко, Котенка запросили до МВС, але він відмовився від нової посади.
Про свою відставку Котенко оголосив 13 вересня. Тоді ж він повідомив, що переговори з країною-агресором про повернення тіл тепер передали координаційному штабу з питань поводження з військовополоненими. Діяльність пошукових груп буде у віданні Генштабу ЗСУ. Роботу з Єдиним реєстром зниклих безвісти відтепер доручено Міністерству внутрішніх справ.