Ходорковський у 1997–2004 роках був співвласником російської нафтової компанії ЮКОС. У 2004 році, за оцінками російського Forbes, зі статками $15,2 млрд він був найбагатшим бізнесменом Росії.
У 2003 році російські правоохоронці порушили кримінальну справу проти ЮКОСу щодо ухиляння від сплати податків, того ж року Ходорковського і його партнера Платона Лебедєва заарештували. Бізнесменів засудили до дев'яти років колонії (пізніше суд знизив їм строки до восьми років), а компанія ЮКОС пройшла через процедуру банкрутства і 2007 року її ліквідували.
У 2009 році Ходорковському і Лебедєву висунули нові обвинувачення у другій справі ЮКОСу – про розкрадання акцій "дочок" нафтової компанії з подальшою легалізацією частини грошей. У 2010 році їх засудили до 14 років колонії (пізніше строки скоротили до 11 років).
У грудні 2013 року президент РФ Володимир Путін помилував Ходорковського, відразу після звільнення бізнесмен покинув Росію і зараз із сім'єю проживає у Великобританії. Загалом за ґратами Ходорковський провів 10 років. Зараз проти нього у РФ розслідують ще кілька кримінальних справ, зокрема так звану третю справу ЮКОСу (про розкрадання нафти і легалізацію викраденого майна заради отримання коштів від його реалізації), а також справу про вбивство мера Нефтеюганська 1998 року. Ходорковський провину в інкримінованих йому злочинах не визнає.
У липні 2021 року мін'юст РФ додав до списку "небажаних" в Росії діяльність чотирьох неурядових організацій, пов'язаних із Михайлом Ходорковським. Це британські Фонд Ходорковського, Оксфордський російський фонд, Фонд "Майбутнє Росії" та французька організація "Європейський вибір". Крім того, у липні Роскомнагляд заблокував у Росії сайт центру "Досьє", також пов'язаного з Ходорковським.
Визнання організації "небажаною" у РФ, згідно з ухваленими у травні поправками до законодавства, означає для її учасників і прихильників загрозу тюремного ув'язнення до шести років.
Наприкінці липня мін'юст Росії заніс у список "ЗМІ – іноземних агентів" чотирьох журналістів "Открытых медиа", включно з головним редактором. Загалом у список "іноземних агентів" у РФ зараз входять 34 ЗМІ та журналісти, зокрема "Медуза", "Голос Америки", "Радио Свобода", "Крым.Реалии", "Настоящее время", The Insider.
Ходорковський говорив, що у зв'язку з репресивною політикою російської влади готовий вивезти за кордон або закрити редакції ЗМІ, які він підтримує в Росії.