Ходорковский в 1997–2004 годах был совладельцем российской нефтяной компании ЮКОС. В 2004 году, по оценкам российского Forbes, с состоянием $15,2 млрд он был богатейшим бизнесменом России.
В 2003 году российские правоохранители возбудили уголовное дело против ЮКОСа по поводу уклонения от уплаты налогов, в том же году Ходорковского и его партнера Платона Лебедева арестовали. Бизнесменов приговорили к девяти годам колонии (позже суд снизил им сроки до восьми лет), а компания ЮКОС прошла через процедуру банкротства и в 2007 году была ликвидирована.
В 2009 году Ходорковскому и Лебедеву предъявили новые обвинения по второму делу ЮКОСа – о хищении акций "дочек" нефтяной компании с последующей легализацией части денег. В 2010 году их приговорили к 14 годам колонии (позднее сроки сократили до 11 лет).
В декабре 2013 года президент РФ Владимир Путин помиловал Ходорковского, сразу после освобождения бизнесмен покинул Россию и сейчас с семьей проживает в Великобритании. В целом за решеткой Ходорковский провел 10 лет. Сейчас против него в РФ расследуется еще несколько уголовных дел, в частности так называемое третье дело ЮКОСа (о хищениях нефти и легализации похищенного имущества ради получения средств от его реализации), а также дело об убийстве мэра Нефтеюганска в 1998 году. Ходорковский вину в инкриминируемых ему преступлениях не признает.
В июле 2021 года минюст РФ внес в список "нежелательных" в России деятельность четырех неправительственных организаций, связанных с Михаилом Ходорковским. Это британские Фонд Ходорковского, Оксфордский российский фонд, Фонд "Будущее России" и французскую организацию "Европейский выбор". Кроме того, в июле Роскомнадзор заблокировал в России сайт центра "Досье", также связанного с Ходорковским.
Признание организации "нежелательной" в РФ, согласно принятым в мае поправкам в законодательство, означает для ее участников и сторонников угрозу тюремного заключения до шести лет.
В конце июля минюст России включил в список "СМИ – иностранных агентов" четырех журналистов "Открытых медиа", в том числе главного редактора. Всего в список "иностранных агентов" в РФ сейчас входят 34 СМИ и журналиста, в том числе "Медуза", "Голос Америки", "Радио Свобода", "Крым.Реалии", "Настоящее время", The Insider.
Ходорковский говорил, что в связи с репрессивной политикой российских властей готов вывезти за рубеж или закрыть редакции СМИ, которые он поддерживает в России.