Документи зникли без жодних пояснень із боку влади й без повідомлення громадськості. Серед видалених матеріалів були фотографії з будинків Епштейна, зокрема зображення творів мистецтва й один знімок, на якому в шухляді столу була фотографія Трампа разом із його дружиною Меланією Трамп, самим Епштейном і соратницею фінансиста Гіслейн Максвелл, яка відбуває строк за обвинуваченням у торгівлі людьми з метою сексуальної експлуатації.
Мін'юст США не став прямо відповідати, чому документи зникли, заявивши лише, що фотографії й інші матеріали й далі перевіряють і редагують "із міркувань обережності та відповідно до закону". Зникнення файлів спричинило хвилю спекуляцій у мережі й критику з боку демократів у Палаті представників, які вимагали цілковитої прозорості.
Ситуація посилила невдоволення якістю масштабної публікації так званих файлів Епштейна. Попри десятки тисяч оприлюднених сторінок, документи майже не дали нової інформації про розслідування й рішення, що дало змогу Епштейну роками уникати серйозних федеральних обвинувачень. Зокрема, немає головних матеріалів – інтерв'ю ФБР із жертвами і внутрішніх службових записок мін'юсту про причини відмови від обвинувачень у 2000-х роках.
Хоча публікацію передбачав закон про прозорість, який ухвалив Конгрес, відомство заявило, що викладатиме матеріали поступово, пояснивши затримки потребою приховувати персональні дані постраждалих. Строків появи нових документів водночас не вказано.
Багато жертв Епштейна й законодавці заявили, що замість завершення багаторічної боротьби за відкритість публікація лише наголосила, наскільки неповною залишається картина злочинів і дій влади.