Бєлковський народився 1971 року в Москві. Закінчив факультет економічної кібернетики Московського інституту управління. Деякий час працював програмістом, потім зайнявся політичним консалтингом. У різні роки співпрацював із такими політиками, як Борис Березовський, Ірина Хакамада, Костянтин Боровий.
2002-го заснував організацію "Совет по национальной стратегии", яка об'єднала групу із 23 російських експертів, і кілька років був її керівником. У квітні 2004 року створив та очолив організацію "Институт национальной стратегии", але за п'ять років заявив про вихід із її складу. 2003 року підготував кілька резонансних доповідей, серед яких "Самотність Путіна" і "Держава й олігархія".
Політолог часто коментує події в Україні та Росії, критикує політику президента РФ Володимира Путіна. 2017 року в інтерв'ю Дмитрові Гордону заявив: "В інтересах Росії, щоб наступним президентом після Путіна був я. Я б усе розрулив".
Наразі веде авторську програму на радіостанції "Эхо Москвы".