Ходорковський народився 1963 року в Москві. Закінчив Московський хіміко-технологічний інститут імені Д.І. Менделєєва (зараз – Російський хіміко-технологічний університет), спеціальність – інженер-технолог, а також Московський інститут народного господарства імені Г.В. Плеханова (зараз – Російський економічний університет), спеціальність – фінансист.
Після закінчення першого інституту Ходорковському не вдалося за розподілом влаштуватися на завод або в науково-виробниче об'єднання, і він продовжив кар'єру по партійній лінії – 1986 року його обрали членом Свердловського районного комітету ВЛКСМ, а потім він став заступником секретаря Фрунзенського райкому ВЛКСМ. На останній посаді Ходорковський із соратниками організував Фрунзенський районний науково-технічний центр творчості молоді (такі організації, як повідомляють на сайті Ходорковського, були однією з перших у СРСР форм підприємництва).
Наприкінці 1980-х зайнявся підприємництвом, зокрема імпортом коньячного спирту із Франції й торгівлею оргтехнікою. Приблизно у цей самий час заробив перший мільйон.
1987 року Ходорковський із партнерами створив на базі центру НТТМ державно-кооперативне об'єднання "Міжгалузеві науково-технічні програми", за два роки з'явився однойменний банк. Після розпаду СРСР банк інвестував у хімічну та харчову промисловість, виробництво будівельних матеріалів, металургію і нафтохімію, фінустанова придбала низку великих активів, зокрема нафтову компанію ЮКОС. Банк МІНАТЕП був одним із найбільших російських банків аж до кризи 1998 року, а в жовтні 1999-го його офіційно оголосили банкрутом.
Із 1997 року Ходорковський зосередився на роботі в компанії ЮКОС, де став головою ради директорів. Він був співвласником компанії до 2004 року. 2004 року, за оцінками російського Forbes, Ходорковський зі статком $15,2 млрд був найбагатшим бізнесменом Росії.
2003 року російські правоохоронці порушили кримінальну справу проти ЮКОСа щодо ухиляння від сплати податків, того самого року Ходорковського і його партнера Платона Лебедєва заарештували. Бізнесменів засудили до дев'яти років колонії (пізніше суд знизив їм строки до восьми років), а компанія ЮКОС пройшла через процедуру банкрутства, і 2007 року її ліквідували.
2009 року Ходорковському і Лебедєву висунули нові обвинувачення у другій справі ЮКОСа – про розкрадання акцій "доньок" нафтової компанії з подальшою легалізацією частини грошей. 2010 року їх засудили до 14 років колонії (пізніше строки скоротили до 11 років).
У грудні 2013 року Путін помилував Ходорковського, одразу після звільнення бізнесмен покинув Росію і зараз із сім'єю проживає у Великобританії. Загалом за ґратами Ходорковський провів 10 років. Зараз проти нього в РФ розслідують ще кілька кримінальних справ, зокрема так звану третю справу ЮКОСа (про розкрадання нафти й легалізацію викраденого майна заради отримання коштів від його реалізації), а також справу про вбивство мера Нефтеюганська 1998 року. Ходорковський провини в інкримінованих йому злочинах не визнає.
Зараз Ходорковський фінансує кілька правозахисних та медіапроєктів у Росії, зокрема "МБХ медиа" та "Открытые медиа".