26 июня 2015 года на заседании комиссии по рассмотрению вопросов относительно прав на эксплуатацию воздушных линий между одесским губернатором Михаилом Саакашвили и Антонюком произошел конфликт: губернатор обвинил Антонюка в том, что он лоббирует интересы олигархов и не дает возможности для выхода на рынок других авиакомпаний, кроме существующего монополиста – МАУ.
2 июля Кабмин на время проведения служебного расследования отстранил Антонюка от работы, а 2 сентября стало известно, что после проверки он вернулся к исполнению своих обязанностей.
3 сентября министр инфраструктуры Украины Андрей Пивоварский сообщил, что Антонюк был отправлен в отставку с должности главы Госавиаслужбы, новый глава ведомства будет избран на открытом конкурсе.