Николай Маломуж был назначен главой Службы внешней разведки Украины в 2005 году. В 2008 году он стал генералом армии.
В 2010 году президент Украины Виктор Янукович уволил генерала с должности председателя Службы внешней разведки Украины и назначил его внештатным советником. 11 октября 2010 года Маломуж был уволен с военной службы в запас по состоянию здоровья с правом ношения военной формы одежды.