Венедиктов родился в 1955 году в Москве. После окончания школы поступил на вечернее отделение исторического факультета Московского педагогического института, одновременно с учебой работал почтальоном. После окончания института в 1978 году в течение 20 лет преподавал историю в московской общеобразовательной школе.
В 1990 году начал сотрудничать с радиостанцией "Эхо Москвы". Вначале работал на должности обозревателя прессы и корреспондента, затем стал политическим обозревателем, возглавил информационную службу. В 1998 году был избран на пост главного редактора радиостанции. Холдинг "Газпром-Медиа" владеет 66% акций ЗАО "Эхо Москвы", остальное – у миноритариев, в том числе у Венедиктова (по некоторым данным, у него 18% акций).
Состоит в отдаленном родстве с российским музыкантом Андреем Макаревичем, они называют себя троюродными братьями.