Мерабишвили родился в 1968 году в районе Самцхе-Джавахети на юге Грузии. Окончил горный факультет Грузинского технического университета. В 1990-х работал научным сотрудником в нескольких грузинских университетах и возглавлял неправительственные организации.
Политическую карьеру начала в конце 1990-х. В 1999 году был избран депутатом парламента по списку партии "Союз граждан Грузии", которую возглавлял тогдашний президент Эдуард Шеварднадзе. Будучи в партии, часто критиковал политику главы государства. В 2002 году присоединился к политсиле Михаила Саакашвили "Единое национальное движение", стал генеральным секретарем партии.
Мерабишвили был активным участником Революции роз. После победы Саакашвили на выборах президента в 2004 году вошел в его команду. В июне – декабре 2004 года был министром государственной безопасности Грузии, затем в течение семи с половиной лет, с декабря 2004-го по июль 2012 года, – министром внутренних дел, в июле – октябре 2012 года был премьер-министром страны.
В мае 2013 года Мерабишвили задержали. Его обвинили в превышении служебных полномочий по делу о разгоне акции протеста 26 мая 2011 года, присвоении чужого имущества и растрате средств МВД Грузии, фальсификации расследования дела об убийстве сотрудника "Объединенного банка Грузии" Сандро Гиргвлиани, совершенном в 2006 году, подкупе избирателей и избиении грузинского депутата Валерия Гелашвили.
В 2014 году суд признал Мерабишвили виновным по всем статьям и приговорил к шести годам и девяти месяцам тюрьмы. В феврале 2020 года он вышел на свободу. Все заключение политик находился в одиночной камере.