Дело о причинении руководством компании ЮКОС ущерба бюджету России было возбуждено в 2003 году. В июле этого года был задержан соучредитель банка "Менатеп" Платон Лебедев, 25 октября того же года – председатель правления ЮКОС Михаил Ходорковский. В мае 2005 года каждого из них приговорили к девяти годам колонии.
В 2009 году осужденных вернули в Москву из колоний, чтобы предъявить обвинения по второму делу – о хищении акций "дочек" ЮКОС и добытой компанией нефти на сумму более 890 млрд руб., а также о легализации части этих средств. В 2010 году бизнесмены были признаны виновными и приговорены к 14 годам колонии.
В 2013 году президент РФ Владимир Путин помиловал Ходорковского, который в тот же день был освобожден и покинул страну. Лебедев вышел на свободу в январе 2014 года после постановления Верховного суда, снизившего ему срок до фактически отбытого.
В июле 2014 года третейский суд в Гааге принял решение о взыскании с России $50 млрд в пользу акционеров компании ЮКОС. В 2016 году Окружной суд Гааги отменил решение арбитража.
В январе 2017 года Конституционный суд РФ разрешил не платить бывшим акционерам ЮКОС €1,9 млрд компенсации по решению ЕСПЧ.
В мае 2017 года апелляционный суд Амстердама вынес решение, что власти России нарушили российское налоговое законодательство, предъявив к концерну ЮКОС чрезмерные требования по покрытию задолженности перед государством, что в итоге привело к началу процедуры банкротства нефтяной компании в марте 2006 года.
В феврале 2020 года Апелляционный суд Гааги отменил вердикт голландского суда первой инстанции и оставил в силе решение гаагского арбитража, которое обязывало Россию выплатить экс-акционерам нефтяной компании ЮКОС $50 млрд. За время тяжбы из-за начисления процентов сумма выросла до $57 млрд. 5 ноября Верховный суд Нидерландов, в свою очередь, отменил решение апелляции и дело вернули для повторных слушаний.