У березні 2014 року, коли Росія окупувала український Крим, Навальний заявляв, що дії президента РФ Володимира Путіна на півострові, на його думку, – це не геополітика, а "особиста помста всьому українському народу, який своєю революцією подав поганий приклад росіянам".
У дописі під назвою "Розгорнута позиція щодо України та Криму" він писав тоді, що Майдан – "народне повстання проти корумпованої та злодійської влади", і закликав українців "нову державу будувати", а не "битися в істериці навколо Криму". "На хрін вам цей Крим? Нехай сам визначає свою долю. У вас є шанс побудувати справжню європейську державу і не повторити помилки 2004 року... Ось ваші пріоритети, а не Крим і не боротьба з Росією", – писав Навальний.
Політик висловлював думку, що Крим "випадково "дістався" Україні – це неправильно, несправедливо і прикро для будь-якого нормального жителя РФ", але анексії не підтримував, зазначаючи, що, по-перше, Росія має дотримуватися своїх домовленостей (умови Будапештського меморандуму), а, по-друге, "зміна кордонів держав у Європі з використанням військ і сили – неприйнятна". Він також наголошував, що для самої РФ "питання територіальної цілісності болюче" і порушувати його, а тим більше підтримувати сепаратистські референдуми, їй не варто. Навальний прогнозував, що наслідки "приєднання" Криму будуть украй невигідними для Росії у довгостроковій та середньостроковій перспективі й серед них буде і форсування розширення НАТО.
У серпні 2014 року, коли на Донбасі щойно розпочалася війна Росії проти України, Навальний у соцмережі тоді ще Twitter називав українців "хохлами", а також завуальовано визнавав у жартівливому тоні, що там проти них уже тоді воювали не "ополченці", як називала сепаратистських бойовиків російська пропаганда, а військові РФ.
У жовтні того самого року Навальний сказав, що Крим залишиться частиною Росії і більше ніколи в найближчому майбутньому не стане частиною України. "Крим – це бутерброд із ковбасою, чи що, щоб його туди-сюди повертати?" – сказав тоді опозиціонер.
У грудні 2016 року Навальний заявляв, що якщо стане президентом Росії, проведе у Криму "найчесніший референдум у світі", результати якого стануть відправною точкою для того, щоб "зробити дорожню карту та зрозуміти, як узагалі цю проблему вирішувати".
У листопаді 2019 року Навальний заявив стосовно Криму, що "фаршу назад не прокрутиш". За його словами, анексія півострова була незаконною, але там уже "2 млн осіб із російськими паспортами", і тому "не існує простого вирішення кримської проблеми".
Коли 2022 року Росія розпочала повномасштабне вторгнення в Україну, Навальний закликав росіян виходити на мітинги проти війни. "Вісім днів тому нашу країну стали вважати абсолютним злом. Вісім днів на українські міста падають бомби й ракети. Гинуть тисячі людей, і ніхто так і не зрозумів, заради чого", – ідеться у зверненні, розміщеному на ресурсах опозиціонера. Навальний і його команда були впевнені в тому, що "все це через одну людину" – Путіна, який почав бомбити мирні міста України, а у своєї країни "відібрав економіку, відносини зі світом і надію на майбутнє".
Навальний і пізніше закликав до антивоєнних акцій.
У лютому 2023 року опозиціонер уже з колонії опублікував "15 пунктів громадянина Росії, який бажає щастя своїй країні", там була низка заяв щодо України.
Зокрема, він наголошував, що РФ має визнати Україну в межах 1991 року. "Ми, Росія, їх теж тоді визнали. Ці кордони Росія має визнавати і зараз. Тут немає що обговорювати. Майже всі кордони у світі випадкові й викликають чиєсь невдоволення. Але воювати за їхню зміну у XXI столітті не можна. Інакше світ порине в хаос", – написав Навальний. Він також закликав "припинити агресію, завершити війну і вивести всі російські війська з території України", компенсувати Україні збитки, завдані "путінською агресією", а також "бути частиною Європи й наслідувати європейський шлях розвитку".
Окрім того, Навальний вважав, що "Росія зазнає воєнної поразки" і влада "безглуздо занапастила життя десятків тисяч російських солдатів", а "брехливі й лицемірні заклики Кремля до переговорів і припинення вогню – не що інше, як реалістична оцінка перспектив воєнних дій".