В марте 2014 года, когда Россия оккупировала украинский Крым, Навальный заявлял, что действия президента РФ Владимира Путина на полуострове, по его мнению, – это не геополитика, а "личная месть всему украинскому народу, который своей революцией подал плохой пример россиянам".
В посте, озаглавленном "Развернутая позиция по Украине и Крыму", он писал тогда, что Майдан – "народное восстание против коррумпированной и воровской власти", и призывал украинцев "новое государство строить", а не "биться в истерике вокруг Крыма". "На хрен вам этот Крым? Пусть сам определяет свою судьбу. У вас есть шанс построить настоящее европейское государство и не повторить ошибок 2004 года... Вот ваши приоритеты, а не Крым и не борьба с Россией", – писал Навальный.
Политик выражал мнение, что Крым "случайно "достался" Украине – это неправильно, несправедливо и обидно любому нормальному жителю РФ", но аннексию не поддерживал, отмечая, что, во-первых, Россия должна соблюдать свои договоренности (условия Будапештского меморандума), а, во-вторых, "изменение границ государств в Европе с использованием войск и силы – неприемлемо". Он также подчеркивал, что для самой РФ "вопрос территориальной целостности болезненный" и поднимать его, а тем более поддерживать сепаратистские референдумы, ей не стоит. Навальный прогнозировал, что последствия "присоединения" Крыма будут крайне невыгодны России в долгосрочной и среднесрочной перспективе и в их числе будет и форсирование расширения НАТО.
В августе 2014 года, когда на Донбассе только началась война России против Украины, Навальный в соцсети тогда еще Twitter называл украинцев "хохлами", а также завуалированно признавал в шутливом тоне, что там против них уже тогда воевали не "ополченцы", как называла сепаратистских боевиков российская пропаганда, а военные РФ.
В октябре того же года Навальный сказал, что Крым останется частью России и больше никогда в обозримом будущем не станет частью Украины. "Крым – это бутерброд с колбасой, что ли, чтобы его туда-сюда возвращать?" – сказал тогда оппозиционер.
В декабре 2016 года Навальный заявлял, что, если станет президентом России, проведет в Крыму "самый честный референдум на свете", результаты которого станут отправной точкой для того, чтобы "сделать дорожную карту и понять, как вообще эту проблему решать".
В ноябре 2019 года Навальный заявил по поводу Крыма, что "фарш обратно не провернешь". По его словам, аннексия полуострова была незаконной, но там уже "2 млн человек с российскими паспортами", и поэтому "не существует простого решения крымской проблемы".
Когда в 2022 году Россия начала полномасштабное вторжение в Украину, Навальный призвал россиян выходить на митинги против войны. "Восемь дней назад нашу страну стали считать абсолютным злом. Восемь дней на украинские города падают бомбы и ракеты. Гибнут тысячи людей, и никто так и не понял, ради чего", – говорится в обращении, размещенном на ресурсах оппозиционера. Навальный и его команда были уверены в том, что "все это из-за одного человека" – Путина, который начал бомбить мирные города Украины, а у своей страны "отнял экономику, отношения с миром и надежду на будущее".
Навальный и позже призывал к антивоенным акциям.
В феврале 2023 года оппозиционер уже из колонии опубликовал "15 пунктов гражданина России, желающего блага своей стране", там был ряд заявлений, касающихся Украины.
В частности, он подчеркивал, что РФ должна признать Украину в границах 1991 года. "Мы, Россия, их тоже тогда признали. Эти границы Россия должна признавать и сейчас. Тут нечего обсуждать. Почти все границы в мире случайны и вызывают чье-то недовольство. Но воевать за их изменение в XXI веке нельзя. Иначе мир погрузится в хаос", – написал Навальный. Он также призвал "прекратить агрессию, завершить войну и вывести все российские войска с территории Украины", компенсировать Украине ущерб, нанесенный "путинской агрессией", а также "быть частью Европы и следовать европейскому пути развития".
Кроме того, Навальный считал, что "Россия терпит военное поражение" и власти "бессмысленно загубили жизни десятков тысяч российских солдат", а "лживые и лицемерные призывы Кремля к переговорам и прекращению огня – не что иное, как реалистичная оценка перспектив военных действий".