По данным следствия, участники преступной организации в сговоре с другими лицами разработали механизм незаконного завладения деньгами местного бюджета и землей территориальной общины Одессы для ее передачи под застройку. Из-за этих действий, как сообщали в НАБУ, в течение 2016–2019 годов община потеряла не менее шести земельных участков общей площадью 15,9 га, а чиновники незаконно потратили из местного бюджета 131 млн грн. Общий размер ущерба по этим эпизодам, согласно результатам экспертизы, составляет 689 млн грн.
Труханов, комментируя дело против себя, заявил, что уголовное производство против него якобы приказал открыть глава Исполкома реформ, бывший председатель Одесской облгосадминистрации Михаил Саакашвили.
Специализированная антикоррупционная прокуратура просила суд арестовать мэра Одессы с альтернативой залога в 120 млн грн. Суд назначил Труханову меру пресечения в виде залога 30 млн грн. Политик сказал, что таких денег у него нет.
Труханов и еще 11 человек, среди которых чиновники горсовета Одессы, также фигурируют в деле о нанесении ущерба бюджету города – о покупке здания завода "Краян". В 2019 году Малиновский районный суд Одессы признал невиновными Труханова и остальных подозреваемых в этом производстве, САП подала апелляцию, и в 2021 году Высший антикоррупционный суд отменил оправдательный приговор, направив дело на повторное рассмотрение в первую инстанцию ВАКС.