Под руководством Гиркина 12 апреля 2014 года боевики захватили Славянск Донецкой области. 5 июля боевики во главе с Гиркиным покинули город и перебрались в Донецк. С мая по август 2014 года Гиркин называл себя "министром обороны ДНР". В начале августа стало известно, что он сложил полномочия и вернулся в Россию.
Гиркин находится в розыске в Украине. Ему выдвинули подозрения по ряду статей Уголовного кодекса Украины, в том числе по ст. 258-3 (создание террористической группы или террористической организации), ст. 294 (массовые беспорядки), ст. 258 (террористический акт), ст. 341 (захват государственных или общественных зданий или сооружений).
17 ноября 2022 года Окружной суд Гааги признал его, а также россиянина Сергея Дубинского и украинца Леонида Харченко ответственными за катастрофу MH17.
О задержании Гиркина 21 июля 2023 года сообщило, ссылаясь на источники в правоохранительных органах, российское информагентство РБК. Там утверждали, что на Гиркина подал заявление бывший "сотрудник" ЧВК "Вагнер". Им оказался хирург из Ярославля (РФ) Дмитрий Петровский, который заявил, что "последней каплей", побудившей его написать на Гиркина заявление в прокуратуру, стали слова экс-главы боевиков "ДНР" о президенте страны-оккупанта РФ Владимире Путине, которого тот назвал "ничтожеством".
Мещанский суд Москвы 21 июля избрал Гиркину меру пресечения в виде содержания под стражей сроком на два месяца, как и просила сторона обвинения. Гиркину вменяют публичные призывы к осуществлению экстремистской деятельности в интернете (ст. 280 Уголовного кодекса России).
После ареста Гиркина под зданием Мещанского суда задержали Губарева, который вышел в одиночный пикет в поддержку экс-главаря боевиков "ДНР".