В 1991 году Нагорный Карабах при поддержке Армении объявил о независимости от Азербайджана. Это привело к боевым действиям, продлившимся до 1994 года. Вооруженный конфликт завершился подписанием Бишкекского протокола о перемирии и прекращении огня, но время от времени между сторонами возникают вооруженные столкновения. За время конфликта в регионе погибло более 30 тыс. человек. Азербайджан считает Нагорный Карабах оккупированной Арменией территорией.
27 сентября 2020 года в Нагорном Карабахе вспыхнул самый масштабный за последние годы конфликт. В тот же день в Армении было объявлено военное положение. Министерство обороны Азербайджана обвинило Армению в "масштабной провокации", обстреле позиций азербайджанской армии и объявило о начале "стремительного контрнаступления". Армянские власти, в свою очередь, заявили, что азербайджанские военные инициировали наступление на Нагорный Карабах. Во время конфликта стороны использовали танки, тяжелую артиллерию и авиацию.
Обе страны объявили мобилизацию. Несколько раз достигались договоренности о перемирии в Нагорном Карабахе, но каждый раз они нарушались.
В ночь на 10 ноября представители Армении, Азербайджана и России (как посредника) подписали заявление о прекращении войны в Карабахе. Согласно договоренностям, вдоль линии соприкосновения в Нагорном Карабахе размещаются 1960 российских миротворцев. Азербайджан получил право занять Кельбаджарский, Агдамский и Лачинский районы.
Исполняющий обязанности главы правительства Армении Никол Пашинян говорил, что это решение было для него крайне тяжелым, но безальтернативным. Алиев утверждал, что Пашиняна "вынудили" подписать документ, "максимально выгодный" для Баку.
По данным минобороны Азербайджана, за время столкновений в Нагорном Карабахе погибло 2783 военнослужащих, более 100 бойцов считаются пропавшими без вести. По данным минздрава Армении, в ходе конфликта погибло не менее 3330 армянских граждан.
В мае Армения и Азербайджан обвиняли друг друга в обстрелах и попытках нарушения границ. В частности, 25 мая произошла перестрелка на границе, в результате которой погиб один армянский военнослужащий. В Армении заявили, что огонь открыли вооруженные силы Азербайджана. Баку причиной случившегося назвал "несчастный случай". 27 мая Азербайджан взял в плен шестерых армянских военных на границе между странами.
Пашинян 14 мая обращался к Путину за военной помощью из-за ситуации у границ Армении.
Алиев 18 июля заявил об окончательном урегулировании конфликта в Нагорном Карабахе, сообщало государственное агентство Азербайджана АЗЕРТАДЖ.